阿賀野市出湯にある華報寺（けほうじ）の四世、芳菴尖頤（ほうあんせんい）が真言宗から曹洞宗に改め、寺号を「華蓮寺（かれんじ）」と改称し現在地に移転した。開基は駒林城主 下条駿河守貞尚（げじょうするがのかみさだなお）。

下条駿河守貞尚が上杉謙信の臣であったことから、与板城主 直江兼続（なおえかねつぐ）が下条駿河守貞尚の追善を祈り、中国の僧道原（どうげん）の筆になる「紺紙金泥金剛般若波羅蜜経（こんしきんでいこんごうはんにゃはらみつきょう）」を寄進した。これは現在も寺宝となっている。